Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SKA1Q96BD8 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SKA1Q96BD8 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SKA1Q96BD8 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SKA1Q96BD8 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SKA1Q96BD8 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SKA1Q96BD8 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SKA1Q96BD8 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SKA1Q96BD8 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SKA1Q96BD8 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.6 ms