Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SDC1P18827 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
SDC1P18827 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SDC1P18827 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
SDC1P18827 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SDC1P18827 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SDC1P18827 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
SDC1P18827 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SDC1P18827 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
SDC1P18827 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
SDC1P18827 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC19.03■□□□□ 0.64
SDC1P18827 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SDC1P18827 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
SDC1P18827 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
SDC1P18827 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
SDC1P18827 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC19.03■□□□□ 0.64
SDC1P18827 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
SDC1P18827 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SDC1P18827 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
SDC1P18827 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SDC1P18827 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SDC1P18827 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SDC1P18827 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
SDC1P18827 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC19.03■□□□□ 0.64
SDC1P18827 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC19.03■□□□□ 0.64
SDC1P18827 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
SDC1P18827 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
SDC1P18827 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
SDC1P18827 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
SDC1P18827 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
SDC1P18827 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
SDC1P18827 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
SDC1P18827 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
SDC1P18827 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
SDC1P18827 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
SDC1P18827 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
SDC1P18827 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
SDC1P18827 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
SDC1P18827 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
SDC1P18827 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
SDC1P18827 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
SDC1P18827 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
SDC1P18827 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
SDC1P18827 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
SDC1P18827 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
SDC1P18827 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
SDC1P18827 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
SDC1P18827 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
SDC1P18827 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
SDC1P18827 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
SDC1P18827 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
SDC1P18827 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
SDC1P18827 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
SDC1P18827 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.63
SDC1P18827 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
SDC1P18827 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
SDC1P18827 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
SDC1P18827 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
SDC1P18827 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
SDC1P18827 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
SDC1P18827 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
SDC1P18827 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
SDC1P18827 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
SDC1P18827 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
SDC1P18827 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
SDC1P18827 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
SDC1P18827 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
SDC1P18827 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
SDC1P18827 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
SDC1P18827 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
SDC1P18827 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
SDC1P18827 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
SDC1P18827 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
SDC1P18827 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
SDC1P18827 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
SDC1P18827 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
SDC1P18827 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
SDC1P18827 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
SDC1P18827 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
SDC1P18827 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
SDC1P18827 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC19■□□□□ 0.63
SDC1P18827 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
SDC1P18827 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC19■□□□□ 0.63
SDC1P18827 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
SDC1P18827 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
SDC1P18827 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
SDC1P18827 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
SDC1P18827 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC19■□□□□ 0.63
SDC1P18827 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
SDC1P18827 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
SDC1P18827 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
SDC1P18827 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
SDC1P18827 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
SDC1P18827 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
SDC1P18827 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
SDC1P18827 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
SDC1P18827 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
SDC1P18827 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
SDC1P18827 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
SDC1P18827 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.7 ms