Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC18.14■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC18.14■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SPTA1P02549 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms