Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 SPAST-203ENST00000615843 5212 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.6 ms