Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC20.54■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC20.53■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC20.53■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC20.53■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC20.52■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC20.52■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms