Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 PPM1H-201ENST00000228705 6353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 CERS6-201ENST00000305747 7217 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 SERPINA4-202ENST00000555095 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 MAPK9-207ENST00000452135 4815 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA1P49639 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.8 ms