Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC24.63■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC24.61■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC24.61■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
BRCA1P38398 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
BRCA1P38398 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
BRCA1P38398 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
BRCA1P38398 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
BRCA1P38398 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
BRCA1P38398 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
BRCA1P38398 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
BRCA1P38398 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
BRCA1P38398 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
BRCA1P38398 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
BRCA1P38398 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
BRCA1P38398 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
BRCA1P38398 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
BRCA1P38398 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
BRCA1P38398 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
BRCA1P38398 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
BRCA1P38398 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
BRCA1P38398 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
BRCA1P38398 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
BRCA1P38398 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
BRCA1P38398 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.2 ms