Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms