Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC24.25■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC24.23■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
BRPF3Q9ULD4 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.8 ms