Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC39Q9UFE4 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms