Protein–RNA interactions for Protein: Q9NNX9

VCX3A, Variable charge X-linked protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 186 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCX3AQ9NNX9 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 PCDHA7-202ENST00000525929 5221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 HMGXB3-201ENST00000502717 4974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 LRRC58-201ENST00000295628 7903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 LARP4B-211ENST00000612396 8546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 CXADR-201ENST00000284878 6254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 TACC1-202ENST00000317827 7802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 RIF1-204ENST00000430328 7992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 DAPK1-207ENST00000469640 5899 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 STK25-201ENST00000316586 4619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 MYH14-202ENST00000376970 6787 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 C3orf58-201ENST00000315691 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 PTEN-201ENST00000371953 9027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 SNX14-210ENST00000505648 3193 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 ITGA8-201ENST00000378076 6755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 EFCAB14-201ENST00000371933 5767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 INPP5J-207ENST00000405300 2515 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VCX3AQ9NNX9 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.4 ms