Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP28Q96RU2 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.8 ms