Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC27.43■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC27.42■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC27.41■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC27.4■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
NPHP3Q7Z494 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC27.39■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC27.39■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC27.39■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC27.38■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC27.37■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.9 ms