Protein–RNA interactions for Protein: P09341

CXCL1, Growth-regulated alpha protein, humanhuman

Predictions only

Length 107 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CXCL1P09341 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 ZSCAN18-201ENST00000240727 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 AC099398.1-201ENST00000567919 2776 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 INPP5J-207ENST00000405300 2515 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CXCL1P09341 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms