Protein–RNA interactions for Protein: O00560

SDCBP, Syntenin-1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 298 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDCBPO00560 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 SLC29A4-202ENST00000396872 5685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
SDCBPO00560 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDCBPO00560 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.8 ms