Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
COL4A3Q01955 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.9
COL4A3Q01955 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
COL4A3Q01955 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
COL4A3Q01955 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC20.64■□□□□ 0.9
COL4A3Q01955 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC20.64■□□□□ 0.9
COL4A3Q01955 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.9
COL4A3Q01955 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC20.64■□□□□ 0.9
COL4A3Q01955 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
COL4A3Q01955 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
COL4A3Q01955 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.6 ms