Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
BRCA1P38398 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
BRCA1P38398 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
BRCA1P38398 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
BRCA1P38398 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC24.76■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC24.74■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC24.74■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC24.73■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC24.73■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC24.72■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC24.71■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC24.71■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC24.71■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC24.7■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
BRCA1P38398 FAM86EP-206ENST00000510506 987 ntBASIC24.7■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 133.2 ms