Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXD9P28356 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXD9P28356 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXD9P28356 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXD9P28356 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXD9P28356 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXD9P28356 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXD9P28356 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD9P28356 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms