Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

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Length 358 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
USP41Q3LFD5 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP41Q3LFD5 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP41Q3LFD5 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP41Q3LFD5 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP41Q3LFD5 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP41Q3LFD5 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP41Q3LFD5 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP41Q3LFD5 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP41Q3LFD5 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP41Q3LFD5 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP41Q3LFD5 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
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