Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 DSCAM-201ENST00000400454 8552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC112Q8NEF3 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms