Protein–RNA interactions for Protein: P58304

VSX2, Visual system homeobox 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 361 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VSX2P58304 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
VSX2P58304 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
VSX2P58304 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC19.34■□□□□ 0.69
VSX2P58304 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC19.34■□□□□ 0.69
VSX2P58304 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC19.34■□□□□ 0.69
VSX2P58304 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
VSX2P58304 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
VSX2P58304 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
VSX2P58304 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
VSX2P58304 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
VSX2P58304 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
VSX2P58304 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
VSX2P58304 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
VSX2P58304 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
VSX2P58304 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.33■□□□□ 0.69
VSX2P58304 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
VSX2P58304 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC19.33■□□□□ 0.69
VSX2P58304 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
VSX2P58304 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
VSX2P58304 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
VSX2P58304 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
VSX2P58304 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
VSX2P58304 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
VSX2P58304 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
VSX2P58304 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
VSX2P58304 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.33■□□□□ 0.68
VSX2P58304 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
VSX2P58304 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
VSX2P58304 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
VSX2P58304 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
VSX2P58304 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
VSX2P58304 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
VSX2P58304 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
VSX2P58304 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
VSX2P58304 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
VSX2P58304 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
VSX2P58304 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VSX2P58304 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VSX2P58304 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VSX2P58304 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VSX2P58304 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VSX2P58304 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VSX2P58304 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VSX2P58304 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VSX2P58304 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VSX2P58304 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VSX2P58304 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VSX2P58304 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VSX2P58304 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VSX2P58304 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VSX2P58304 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VSX2P58304 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VSX2P58304 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VSX2P58304 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VSX2P58304 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VSX2P58304 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VSX2P58304 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VSX2P58304 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VSX2P58304 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VSX2P58304 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VSX2P58304 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VSX2P58304 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VSX2P58304 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VSX2P58304 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VSX2P58304 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VSX2P58304 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VSX2P58304 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VSX2P58304 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VSX2P58304 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VSX2P58304 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VSX2P58304 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VSX2P58304 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VSX2P58304 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VSX2P58304 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VSX2P58304 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VSX2P58304 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VSX2P58304 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VSX2P58304 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VSX2P58304 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VSX2P58304 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VSX2P58304 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VSX2P58304 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VSX2P58304 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VSX2P58304 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VSX2P58304 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VSX2P58304 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
VSX2P58304 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VSX2P58304 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VSX2P58304 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VSX2P58304 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VSX2P58304 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VSX2P58304 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VSX2P58304 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VSX2P58304 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VSX2P58304 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VSX2P58304 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VSX2P58304 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VSX2P58304 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VSX2P58304 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VSX2P58304 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.7 ms