Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP3Q9Y3E7 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 168.2 ms