Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS39Q96JC1 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.2 ms