Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC24.08■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.3 ms