Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 PHF12-205ENST00000577226 7679 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 AGFG1-201ENST00000310078 8668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC54Q8NEL0 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.3 ms