Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC3Q9BQI4 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC19.83■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC19.8■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.1 ms