Protein–RNA interactions for Protein: Q13547

HDAC1, Histone deacetylase 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 482 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC1Q13547 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC25.31■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC25.31■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC25.29■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC25.29■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
HDAC1Q13547 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms