Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
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USP4Q13107 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
USP4Q13107 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC21.27■□□□□ 0.99
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USP4Q13107 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
USP4Q13107 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP4Q13107 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP4Q13107 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
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USP4Q13107 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
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USP4Q13107 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP4Q13107 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
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USP4Q13107 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP4Q13107 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP4Q13107 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
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USP4Q13107 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP4Q13107 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
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USP4Q13107 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP4Q13107 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP4Q13107 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
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USP4Q13107 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
USP4Q13107 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
USP4Q13107 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
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USP4Q13107 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
USP4Q13107 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
USP4Q13107 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
USP4Q13107 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
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USP4Q13107 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
USP4Q13107 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
USP4Q13107 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
USP4Q13107 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
USP4Q13107 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
USP4Q13107 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
USP4Q13107 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
USP4Q13107 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
USP4Q13107 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP4Q13107 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
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