Protein–RNA interactions for Protein: P54753

EPHB3, Ephrin type-B receptor 3, humanhuman

Predictions only

Length 998 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EPHB3P54753 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
EPHB3P54753 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
EPHB3P54753 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
EPHB3P54753 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
EPHB3P54753 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
EPHB3P54753 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
EPHB3P54753 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
EPHB3P54753 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC21.29■■□□□ 1
EPHB3P54753 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
EPHB3P54753 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
EPHB3P54753 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
EPHB3P54753 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC21.29■■□□□ 1
EPHB3P54753 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
EPHB3P54753 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
EPHB3P54753 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
EPHB3P54753 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
EPHB3P54753 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
EPHB3P54753 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
EPHB3P54753 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
EPHB3P54753 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
EPHB3P54753 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
EPHB3P54753 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
EPHB3P54753 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
EPHB3P54753 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
EPHB3P54753 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
EPHB3P54753 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC21.29■■□□□ 1
EPHB3P54753 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
EPHB3P54753 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
EPHB3P54753 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EPHB3P54753 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
EPHB3P54753 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EPHB3P54753 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EPHB3P54753 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EPHB3P54753 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EPHB3P54753 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
EPHB3P54753 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EPHB3P54753 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EPHB3P54753 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EPHB3P54753 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
EPHB3P54753 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EPHB3P54753 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EPHB3P54753 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
EPHB3P54753 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
EPHB3P54753 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EPHB3P54753 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
EPHB3P54753 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EPHB3P54753 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
EPHB3P54753 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EPHB3P54753 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
EPHB3P54753 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
EPHB3P54753 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EPHB3P54753 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EPHB3P54753 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
EPHB3P54753 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
EPHB3P54753 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
EPHB3P54753 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
EPHB3P54753 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
EPHB3P54753 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
EPHB3P54753 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
EPHB3P54753 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
EPHB3P54753 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
EPHB3P54753 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
EPHB3P54753 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
EPHB3P54753 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
EPHB3P54753 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
EPHB3P54753 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
EPHB3P54753 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
EPHB3P54753 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
EPHB3P54753 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC21.27■■□□□ 1
EPHB3P54753 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
EPHB3P54753 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
EPHB3P54753 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC21.27■■□□□ 1
EPHB3P54753 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
EPHB3P54753 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
EPHB3P54753 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
EPHB3P54753 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
EPHB3P54753 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
EPHB3P54753 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
EPHB3P54753 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
EPHB3P54753 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
EPHB3P54753 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
EPHB3P54753 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
EPHB3P54753 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
EPHB3P54753 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
EPHB3P54753 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
EPHB3P54753 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
EPHB3P54753 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
EPHB3P54753 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
EPHB3P54753 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
EPHB3P54753 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
EPHB3P54753 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
EPHB3P54753 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
EPHB3P54753 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
EPHB3P54753 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC21.26■□□□□ 0.99
EPHB3P54753 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
EPHB3P54753 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
EPHB3P54753 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
EPHB3P54753 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
EPHB3P54753 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
EPHB3P54753 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.1 ms