Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
CCDC42Q96M95 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC42Q96M95 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.9 ms