Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 DROSHA-202ENST00000442743 4991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC9.62□□□□□ -0.873e-8■■■■■ 35.8
SF3B4Q15427 DROSHA-220ENST00000513349 4681 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.74□□□□□ -1.013e-8■■■■■ 35.8
SF3B4Q15427 DROSHA-212ENST00000511367 5305 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC5.11□□□□□ -1.593e-8■■■■■ 35.8
SF3B4Q15427 DCP1A-204ENST00000560076 625 ntTSL 311.11□□□□□ -0.632e-6■■■■■ 35.8
SF3B4Q15427 DCP1A-205ENST00000560624 849 ntTSL 310.27□□□□□ -0.772e-6■■■■■ 35.8
SF3B4Q15427 DCP1A-206ENST00000610213 5994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7□□□□□ -1.292e-6■■■■■ 35.8
SF3B4Q15427 DCP1A-201ENST00000294241 1853 ntTSL 2 BASIC6.92□□□□□ -1.32e-6■■■■■ 35.8
SF3B4Q15427 DCP1A-203ENST00000559748 581 ntTSL 33.98□□□□□ -1.772e-6■■■■■ 35.8
SF3B4Q15427 RNF44-201ENST00000274811 4155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.222e-7■■■■■ 35.8
SF3B4Q15427 TIMM50-210ENST00000597782 456 ntTSL 515.33■□□□□ 0.043e-9■■■■■ 35.8
SF3B4Q15427 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.412e-7■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 FAM208B-201ENST00000328090 8626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.151e-7■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 CEP131-204ENST00000570482 613 ntTSL 512.22□□□□□ -0.451e-6■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 CAPZA2-209ENST00000465607 687 ntTSL 53.62□□□□□ -1.834e-11■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 MAP2K1-201ENST00000307102 3410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.065e-7■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 MAP2K1-203ENST00000566326 1432 ntTSL 5 BASIC8.98□□□□□ -0.975e-7■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 PHF10-204ENST00000480008 4285 ntTSL 1 (best)16.45■□□□□ 0.227e-10■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 PHF10-205ENST00000612128 4395 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.017e-10■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 MXD3-206ENST00000503782 1854 ntTSL 225.77■■□□□ 1.727e-8■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.417e-8■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.137e-8■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.077e-8■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 MXD3-204ENST00000502529 440 ntTSL 318.55■□□□□ 0.567e-8■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.517e-8■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 MXD3-209ENST00000513169 555 ntTSL 515.4■□□□□ 0.067e-8■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 TMEM63A-207ENST00000487971 488 ntTSL 34.83□□□□□ -1.645e-9■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 OXSR1-202ENST00000426620 1581 ntTSL 1 (best)21.29■■□□□ 11e-6■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.481e-6■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.391e-6■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 SLC27A5-205ENST00000595851 2003 ntTSL 217.3■□□□□ 0.361e-6■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.169e-18■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 CBX6-203ENST00000469420 2213 ntTSL 215.83■□□□□ 0.139e-18■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.036e-9■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 ALDH2-203ENST00000548536 1760 ntTSL 314.6□□□□□ -0.076e-9■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 CBX6-201ENST00000216083 3191 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.14□□□□□ -0.159e-18■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 ALDH2-201ENST00000261733 9569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.796e-9■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 OXSR1-205ENST00000483695 769 ntTSL 26.68□□□□□ -1.341e-6■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 SLC25A29-218ENST00000556868 1067 ntTSL 221.31■■□□□ 16e-12■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.956e-12■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.876e-12■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.646e-12■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 SLC25A29-216ENST00000556715 1025 ntTSL 318.23■□□□□ 0.516e-12■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 SLC25A29-206ENST00000554224 1124 ntTSL 317.56■□□□□ 0.46e-12■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 SLC25A29-205ENST00000554060 674 ntTSL 217.43■□□□□ 0.386e-12■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.366e-12■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 SLC25A29-207ENST00000554291 569 ntTSL 415.89■□□□□ 0.136e-12■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 SLC25A29-208ENST00000554912 5169 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.316e-12■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 RPL7-201ENST00000352983 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.51□□□□□ -1.372e-6■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 RPL7-204ENST00000396467 1526 ntTSL 3 BASIC5.18□□□□□ -1.582e-6■■■■■ 35.7
SF3B4Q15427 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.413e-8■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.253e-8■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 ARL8A-202ENST00000486225 431 ntTSL 314.1□□□□□ -0.153e-8■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 RPS8-207ENST00000485390 1115 ntTSL 1 (best)19.22■□□□□ 0.674e-16■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 RPS8-202ENST00000396651 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.52□□□□□ -0.734e-16■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 RPS8-201ENST00000372209 685 ntTSL 2 BASIC9.62□□□□□ -0.874e-16■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 PABPC1-216ENST00000520868 971 ntTSL 55.25□□□□□ -1.573e-16■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 LTBP3-221ENST00000532932 3327 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.072e-8■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 TMBIM1-222ENST00000492966 400 ntTSL 46.67□□□□□ -1.342e-7■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.511e-10■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 SEMA7A-204ENST00000567345 674 ntTSL 417.76■□□□□ 0.431e-10■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 SEMA7A-201ENST00000261918 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.261e-10■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 SEMA7A-202ENST00000542748 3228 ntTSL 5 BASIC13.31□□□□□ -0.281e-10■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 MRPS25-202ENST00000420267 590 ntTSL 411.3□□□□□ -0.62e-8■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 MRPS25-201ENST00000253686 4586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.652e-8■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 MRPS25-207ENST00000496484 823 ntTSL 29.43□□□□□ -0.92e-13■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 MRPS25-206ENST00000474866 540 ntTSL 39.14□□□□□ -0.952e-13■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 MRPS25-205ENST00000449354 1119 ntTSL 2 BASIC7.78□□□□□ -1.162e-8■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 MUS81-212ENST00000530282 755 ntTSL 213.56□□□□□ -0.249e-7■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.617e-7■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 TMEM189-UBE2V1-201ENST00000341698 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.252e-10■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 INTS14-205ENST00000561769 564 ntTSL 418.42■□□□□ 0.543e-7■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 INTS14-206ENST00000562830 492 ntTSL 418.24■□□□□ 0.513e-7■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 INTS14-211ENST00000567940 761 ntTSL 518.24■□□□□ 0.513e-7■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.183e-13■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 INTS14-216ENST00000569565 772 ntTSL 516.01■□□□□ 0.153e-7■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 INTS14-212ENST00000568573 618 ntTSL 415.89■□□□□ 0.133e-7■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 ZDHHC8-204ENST00000436518 557 ntTSL 414.37□□□□□ -0.113e-7■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 LINC00894-206ENST00000450989 2361 ntTSL 2 BASIC12.1□□□□□ -0.477e-7■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 INTS14-210ENST00000567923 584 ntTSL 1 (best)11.04□□□□□ -0.643e-7■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 LINC00894-204ENST00000444489 2951 ntTSL 510.74□□□□□ -0.697e-7■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 INTS14-213ENST00000569004 806 ntTSL 310.54□□□□□ -0.723e-7■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 LINC00894-205ENST00000449111 3414 ntTSL 59.22□□□□□ -0.937e-7■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 INTS14-208ENST00000564306 985 ntTSL 1 (best)8.93□□□□□ -0.983e-7■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 GRAMD1A-210ENST00000599476 599 ntTSL 27.27□□□□□ -1.253e-7■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 RNF31-214ENST00000559449 808 ntTSL 512.54□□□□□ -0.44e-7■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 RNF31-218ENST00000559719 579 ntTSL 312.54□□□□□ -0.44e-7■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 RNF31-206ENST00000558452 575 ntTSL 311.68□□□□□ -0.544e-7■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 RNF31-202ENST00000483895 660 ntTSL 311.11□□□□□ -0.634e-7■■■■■ 35.6
SF3B4Q15427 SHMT2-232ENST00000557487 1918 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.13e-8■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 SHMT2-231ENST00000557433 1904 ntTSL 1 (best)15.7■□□□□ 0.13e-8■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 SHMT2-226ENST00000556825 2215 ntTSL 1 (best)14.61□□□□□ -0.073e-8■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 SHMT2-202ENST00000414700 2006 ntTSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.113e-8■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 SHMT2-217ENST00000555116 1885 ntTSL 212.82□□□□□ -0.363e-8■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 SHMT2-222ENST00000555774 2311 ntTSL 1 (best)12.62□□□□□ -0.393e-8■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 SHMT2-203ENST00000449049 2121 ntTSL 2 BASIC12.52□□□□□ -0.43e-8■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 SHMT2-201ENST00000328923 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.413e-8■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 SHMT2-207ENST00000553837 2152 ntTSL 512.12□□□□□ -0.473e-8■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 SHMT2-229ENST00000557348 1659 ntTSL 211.83□□□□□ -0.523e-8■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 SHMT2-205ENST00000553474 1765 ntTSL 2 BASIC11.82□□□□□ -0.523e-8■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 SHMT2-212ENST00000554467 3416 ntTSL 211.33□□□□□ -0.63e-8■■■■■ 35.5
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