Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.91■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC30.91■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC30.91■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC30.91■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC30.91■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.91■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC30.91■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC30.91■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.9■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC30.9■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC30.9■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC30.9■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC30.9■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC30.9■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC30.9■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC30.9■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC30.89■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.89■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC30.89■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC30.89■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC30.89■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC30.89■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC30.89■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
TCOF1Q13428 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC30.89■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.88■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC30.88■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC30.88■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC30.88■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC30.88■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC30.88■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC30.87■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.87■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC30.87■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC30.87■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC30.87■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC30.87■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC30.87■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.87■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.87■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC30.86■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.86■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.86■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.86■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC30.86■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC30.86■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC30.86■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC30.86■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC30.86■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.85■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.85■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC30.85■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC30.85■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC30.85■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC30.84■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC30.84■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.84■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC30.84■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.84■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.84■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
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