Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
USP4Q13107 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC21.32■■□□□ 1
USP4Q13107 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP4Q13107 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
USP4Q13107 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP4Q13107 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP4Q13107 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP4Q13107 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP4Q13107 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP4Q13107 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
USP4Q13107 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP4Q13107 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
USP4Q13107 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP4Q13107 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP4Q13107 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP4Q13107 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
USP4Q13107 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
USP4Q13107 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
USP4Q13107 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP4Q13107 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
USP4Q13107 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP4Q13107 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP4Q13107 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
USP4Q13107 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP4Q13107 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
USP4Q13107 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP4Q13107 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP4Q13107 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP4Q13107 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP4Q13107 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP4Q13107 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP4Q13107 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USP4Q13107 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP4Q13107 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP4Q13107 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USP4Q13107 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP4Q13107 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USP4Q13107 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USP4Q13107 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USP4Q13107 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USP4Q13107 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USP4Q13107 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USP4Q13107 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP4Q13107 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP4Q13107 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP4Q13107 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
USP4Q13107 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP4Q13107 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP4Q13107 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP4Q13107 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
USP4Q13107 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP4Q13107 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP4Q13107 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP4Q13107 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP4Q13107 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP4Q13107 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP4Q13107 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP4Q13107 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP4Q13107 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP4Q13107 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP4Q13107 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
USP4Q13107 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
USP4Q13107 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
USP4Q13107 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC21.28■■□□□ 1
USP4Q13107 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
USP4Q13107 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
USP4Q13107 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP4Q13107 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC21.27■■□□□ 1
USP4Q13107 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
USP4Q13107 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP4Q13107 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
USP4Q13107 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
USP4Q13107 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
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