Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC34.48■■■■□ 3.11
CUX1P39880 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC34.48■■■■□ 3.11
CUX1P39880 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC34.48■■■■□ 3.11
CUX1P39880 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC34.48■■■■□ 3.11
CUX1P39880 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
CUX1P39880 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
CUX1P39880 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
CUX1P39880 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC34.48■■■■□ 3.11
CUX1P39880 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
CUX1P39880 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
CUX1P39880 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC34.47■■■■□ 3.11
CUX1P39880 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC34.47■■■■□ 3.11
CUX1P39880 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
CUX1P39880 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC34.47■■■■□ 3.11
CUX1P39880 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC34.47■■■■□ 3.11
CUX1P39880 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
CUX1P39880 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
CUX1P39880 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
CUX1P39880 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
CUX1P39880 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
CUX1P39880 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC34.46■■■■□ 3.11
CUX1P39880 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC34.46■■■■□ 3.11
CUX1P39880 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC34.46■■■■□ 3.11
CUX1P39880 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC34.46■■■■□ 3.11
CUX1P39880 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC34.46■■■■□ 3.11
CUX1P39880 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
CUX1P39880 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC34.46■■■■□ 3.11
CUX1P39880 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
CUX1P39880 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC34.45■■■■□ 3.11
CUX1P39880 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC34.45■■■■□ 3.11
CUX1P39880 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC34.45■■■■□ 3.11
CUX1P39880 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.45■■■■□ 3.11
CUX1P39880 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC34.45■■■■□ 3.11
CUX1P39880 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.45■■■■□ 3.1
CUX1P39880 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.45■■■■□ 3.1
CUX1P39880 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC34.45■■■■□ 3.1
CUX1P39880 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC34.45■■■■□ 3.1
CUX1P39880 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC34.44■■■■□ 3.1
CUX1P39880 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC34.44■■■■□ 3.1
CUX1P39880 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC34.44■■■■□ 3.1
CUX1P39880 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
CUX1P39880 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC34.44■■■■□ 3.1
CUX1P39880 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
CUX1P39880 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC34.44■■■■□ 3.1
CUX1P39880 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
CUX1P39880 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
CUX1P39880 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
CUX1P39880 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
CUX1P39880 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
CUX1P39880 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC34.43■■■■□ 3.1
CUX1P39880 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.43■■■■□ 3.1
CUX1P39880 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
CUX1P39880 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
CUX1P39880 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC34.42■■■■□ 3.1
CUX1P39880 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
CUX1P39880 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC34.42■■■■□ 3.1
CUX1P39880 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC34.42■■■■□ 3.1
CUX1P39880 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC34.42■■■■□ 3.1
CUX1P39880 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC34.42■■■■□ 3.1
CUX1P39880 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.42■■■■□ 3.1
CUX1P39880 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.42■■■■□ 3.1
CUX1P39880 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC34.42■■■■□ 3.1
CUX1P39880 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
CUX1P39880 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
CUX1P39880 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
CUX1P39880 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
CUX1P39880 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
CUX1P39880 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC34.41■■■■□ 3.1
CUX1P39880 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
CUX1P39880 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
CUX1P39880 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
CUX1P39880 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
CUX1P39880 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
CUX1P39880 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
CUX1P39880 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC34.41■■■■□ 3.1
CUX1P39880 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
CUX1P39880 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC34.4■■■■□ 3.1
CUX1P39880 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.4■■■■□ 3.1
CUX1P39880 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
CUX1P39880 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC34.4■■■■□ 3.1
CUX1P39880 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.4■■■■□ 3.1
CUX1P39880 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC34.4■■■■□ 3.1
CUX1P39880 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.4■■■■□ 3.1
CUX1P39880 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
CUX1P39880 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.4■■■■□ 3.1
CUX1P39880 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC34.4■■■■□ 3.1
CUX1P39880 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC34.4■■■■□ 3.1
CUX1P39880 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC34.4■■■■□ 3.1
CUX1P39880 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC34.4■■■■□ 3.1
CUX1P39880 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC34.4■■■■□ 3.1
CUX1P39880 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC34.39■■■■□ 3.1
CUX1P39880 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC34.39■■■■□ 3.1
CUX1P39880 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC34.39■■■■□ 3.1
CUX1P39880 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
CUX1P39880 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC34.39■■■■□ 3.1
CUX1P39880 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
CUX1P39880 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC34.39■■■■□ 3.1
CUX1P39880 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
CUX1P39880 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
CUX1P39880 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC34.38■■■■□ 3.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57 ms