Protein–RNA interactions for Protein: P06340

HLA-DOA, HLA class II histocompatibility antigen, DO alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 250 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-DOAP06340 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
HLA-DOAP06340 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HLA-DOAP06340 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HLA-DOAP06340 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HLA-DOAP06340 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms