Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 FZD1-201ENST00000287934 6963 ntAPPRIS P1 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 UNKL-204ENST00000389221 5116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 IQGAP2-201ENST00000274364 5844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 SNTB2-201ENST00000336278 9789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC16.14■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms