Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms