Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS53Q5VIR6 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
VPS53Q5VIR6 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.7 ms