Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC140Q96MF4 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC140Q96MF4 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC140Q96MF4 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC140Q96MF4 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC140Q96MF4 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC140Q96MF4 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC140Q96MF4 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC140Q96MF4 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC140Q96MF4 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC140Q96MF4 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC140Q96MF4 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC140Q96MF4 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC140Q96MF4 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC140Q96MF4 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC140Q96MF4 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC140Q96MF4 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC140Q96MF4 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC140Q96MF4 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC140Q96MF4 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC140Q96MF4 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC140Q96MF4 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC140Q96MF4 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC140Q96MF4 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC140Q96MF4 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC140Q96MF4 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC140Q96MF4 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC140Q96MF4 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.2 ms