Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC36.75■■■■□ 3.47
NPHP3Q7Z494 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC36.74■■■■□ 3.47
NPHP3Q7Z494 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.73■■■■□ 3.47
NPHP3Q7Z494 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.73■■■■□ 3.47
NPHP3Q7Z494 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.73■■■■□ 3.47
NPHP3Q7Z494 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.73■■■■□ 3.47
NPHP3Q7Z494 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
NPHP3Q7Z494 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
NPHP3Q7Z494 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC36.72■■■■□ 3.47
NPHP3Q7Z494 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
NPHP3Q7Z494 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
NPHP3Q7Z494 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
NPHP3Q7Z494 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
NPHP3Q7Z494 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC36.72■■■■□ 3.47
NPHP3Q7Z494 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
NPHP3Q7Z494 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
NPHP3Q7Z494 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
NPHP3Q7Z494 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC36.7■■■■□ 3.47
NPHP3Q7Z494 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.68■■■■□ 3.46
NPHP3Q7Z494 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.68■■■■□ 3.46
NPHP3Q7Z494 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC36.67■■■■□ 3.46
NPHP3Q7Z494 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC36.66■■■■□ 3.46
NPHP3Q7Z494 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.64■■■■□ 3.46
NPHP3Q7Z494 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.63■■■■□ 3.45
NPHP3Q7Z494 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC36.63■■■■□ 3.45
NPHP3Q7Z494 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.63■■■■□ 3.45
NPHP3Q7Z494 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC36.62■■■■□ 3.45
NPHP3Q7Z494 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC36.62■■■■□ 3.45
NPHP3Q7Z494 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC36.62■■■■□ 3.45
NPHP3Q7Z494 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
NPHP3Q7Z494 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
NPHP3Q7Z494 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
NPHP3Q7Z494 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC36.59■■■■□ 3.45
NPHP3Q7Z494 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.59■■■■□ 3.45
NPHP3Q7Z494 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
NPHP3Q7Z494 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC36.57■■■■□ 3.44
NPHP3Q7Z494 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.57■■■■□ 3.44
NPHP3Q7Z494 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
NPHP3Q7Z494 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
NPHP3Q7Z494 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.56■■■■□ 3.44
NPHP3Q7Z494 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC36.54■■■■□ 3.44
NPHP3Q7Z494 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
NPHP3Q7Z494 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC36.53■■■■□ 3.44
NPHP3Q7Z494 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC36.53■■■■□ 3.44
NPHP3Q7Z494 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC36.52■■■■□ 3.44
NPHP3Q7Z494 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.52■■■■□ 3.44
NPHP3Q7Z494 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC36.51■■■■□ 3.44
NPHP3Q7Z494 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC36.51■■■■□ 3.43
NPHP3Q7Z494 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC36.5■■■■□ 3.43
NPHP3Q7Z494 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC36.5■■■■□ 3.43
NPHP3Q7Z494 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC36.47■■■■□ 3.43
NPHP3Q7Z494 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC36.46■■■■□ 3.43
NPHP3Q7Z494 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC36.46■■■■□ 3.43
NPHP3Q7Z494 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC36.45■■■■□ 3.43
NPHP3Q7Z494 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
NPHP3Q7Z494 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.42
NPHP3Q7Z494 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC36.44■■■■□ 3.42
NPHP3Q7Z494 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
NPHP3Q7Z494 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.43■■■■□ 3.42
NPHP3Q7Z494 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
NPHP3Q7Z494 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC36.42■■■■□ 3.42
NPHP3Q7Z494 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC36.42■■■■□ 3.42
NPHP3Q7Z494 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
NPHP3Q7Z494 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.42■■■■□ 3.42
NPHP3Q7Z494 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC36.37■■■■□ 3.41
NPHP3Q7Z494 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
NPHP3Q7Z494 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
NPHP3Q7Z494 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
NPHP3Q7Z494 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC36.36■■■■□ 3.41
NPHP3Q7Z494 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.35■■■■□ 3.41
NPHP3Q7Z494 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.35■■■■□ 3.41
NPHP3Q7Z494 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC36.35■■■■□ 3.41
NPHP3Q7Z494 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC36.35■■■■□ 3.41
NPHP3Q7Z494 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC36.34■■■■□ 3.41
NPHP3Q7Z494 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC36.34■■■■□ 3.41
NPHP3Q7Z494 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.41
NPHP3Q7Z494 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC36.32■■■■□ 3.4
NPHP3Q7Z494 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC36.32■■■■□ 3.4
NPHP3Q7Z494 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.4
NPHP3Q7Z494 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
NPHP3Q7Z494 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.31■■■■□ 3.4
NPHP3Q7Z494 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.3■■■■□ 3.4
NPHP3Q7Z494 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC36.3■■■■□ 3.4
NPHP3Q7Z494 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC36.3■■■■□ 3.4
NPHP3Q7Z494 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.3■■■■□ 3.4
NPHP3Q7Z494 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC36.3■■■■□ 3.4
NPHP3Q7Z494 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.28■■■■□ 3.4
NPHP3Q7Z494 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC36.27■■■■□ 3.4
NPHP3Q7Z494 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.4
NPHP3Q7Z494 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC36.26■■■■□ 3.39
NPHP3Q7Z494 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC36.26■■■■□ 3.39
NPHP3Q7Z494 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC36.26■■■■□ 3.39
NPHP3Q7Z494 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC36.25■■■■□ 3.39
NPHP3Q7Z494 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
NPHP3Q7Z494 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
NPHP3Q7Z494 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC36.23■■■■□ 3.39
NPHP3Q7Z494 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC36.22■■■■□ 3.39
NPHP3Q7Z494 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
NPHP3Q7Z494 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
NPHP3Q7Z494 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.21■■■■□ 3.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.7 ms