Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
USP4Q13107 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
USP4Q13107 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
USP4Q13107 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC27.57■■■□□ 2
USP4Q13107 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
USP4Q13107 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
USP4Q13107 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
USP4Q13107 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP4Q13107 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
USP4Q13107 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
USP4Q13107 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
USP4Q13107 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
USP4Q13107 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
USP4Q13107 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
USP4Q13107 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
USP4Q13107 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP4Q13107 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP4Q13107 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP4Q13107 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP4Q13107 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP4Q13107 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP4Q13107 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP4Q13107 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP4Q13107 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP4Q13107 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
USP4Q13107 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP4Q13107 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.99
USP4Q13107 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
USP4Q13107 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
USP4Q13107 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP4Q13107 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP4Q13107 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP4Q13107 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP4Q13107 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP4Q13107 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP4Q13107 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP4Q13107 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP4Q13107 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP4Q13107 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP4Q13107 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP4Q13107 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
USP4Q13107 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP4Q13107 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP4Q13107 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP4Q13107 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP4Q13107 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP4Q13107 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP4Q13107 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
USP4Q13107 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP4Q13107 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP4Q13107 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP4Q13107 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP4Q13107 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP4Q13107 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP4Q13107 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP4Q13107 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
USP4Q13107 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
USP4Q13107 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
USP4Q13107 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP4Q13107 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP4Q13107 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP4Q13107 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
USP4Q13107 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP4Q13107 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
USP4Q13107 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP4Q13107 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
USP4Q13107 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
USP4Q13107 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
USP4Q13107 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC27.31■■□□□ 1.96
USP4Q13107 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
USP4Q13107 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
USP4Q13107 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
USP4Q13107 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC27.3■■□□□ 1.96
USP4Q13107 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP4Q13107 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP4Q13107 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
USP4Q13107 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
USP4Q13107 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP4Q13107 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP4Q13107 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP4Q13107 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP4Q13107 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP4Q13107 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP4Q13107 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP4Q13107 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP4Q13107 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP4Q13107 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP4Q13107 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP4Q13107 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP4Q13107 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP4Q13107 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP4Q13107 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP4Q13107 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP4Q13107 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP4Q13107 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP4Q13107 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP4Q13107 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP4Q13107 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP4Q13107 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP4Q13107 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
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