Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL4A4P53420 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.19
COL4A4P53420 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.19
COL4A4P53420 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
COL4A4P53420 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL4A4P53420 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL4A4P53420 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL4A4P53420 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL4A4P53420 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL4A4P53420 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL4A4P53420 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL4A4P53420 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL4A4P53420 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
COL4A4P53420 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
COL4A4P53420 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
COL4A4P53420 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
COL4A4P53420 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
COL4A4P53420 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
COL4A4P53420 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
COL4A4P53420 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
COL4A4P53420 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
COL4A4P53420 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL4A4P53420 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL4A4P53420 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL4A4P53420 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL4A4P53420 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
COL4A4P53420 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
COL4A4P53420 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
COL4A4P53420 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
COL4A4P53420 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
COL4A4P53420 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
COL4A4P53420 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
COL4A4P53420 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
COL4A4P53420 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
COL4A4P53420 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
COL4A4P53420 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
COL4A4P53420 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
COL4A4P53420 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.16
COL4A4P53420 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.16
COL4A4P53420 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
COL4A4P53420 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
COL4A4P53420 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
COL4A4P53420 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL4A4P53420 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
COL4A4P53420 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
COL4A4P53420 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL4A4P53420 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL4A4P53420 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL4A4P53420 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL4A4P53420 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL4A4P53420 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL4A4P53420 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL4A4P53420 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL4A4P53420 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL4A4P53420 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL4A4P53420 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL4A4P53420 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL4A4P53420 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC28.45■■■□□ 2.15
COL4A4P53420 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.15
COL4A4P53420 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL4A4P53420 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL4A4P53420 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL4A4P53420 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL4A4P53420 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL4A4P53420 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL4A4P53420 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL4A4P53420 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL4A4P53420 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL4A4P53420 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL4A4P53420 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL4A4P53420 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL4A4P53420 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL4A4P53420 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms