Protein–RNA interactions for Protein: P50479

PDLIM4, PDZ and LIM domain protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM4P50479 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PDLIM4P50479 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PDLIM4P50479 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PDLIM4P50479 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PDLIM4P50479 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PDLIM4P50479 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PDLIM4P50479 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PDLIM4P50479 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PDLIM4P50479 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PDLIM4P50479 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PDLIM4P50479 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PDLIM4P50479 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
PDLIM4P50479 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
PDLIM4P50479 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
PDLIM4P50479 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
PDLIM4P50479 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
PDLIM4P50479 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
PDLIM4P50479 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
PDLIM4P50479 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PDLIM4P50479 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PDLIM4P50479 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
PDLIM4P50479 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
PDLIM4P50479 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PDLIM4P50479 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PDLIM4P50479 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PDLIM4P50479 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
PDLIM4P50479 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
PDLIM4P50479 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
PDLIM4P50479 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PDLIM4P50479 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PDLIM4P50479 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PDLIM4P50479 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PDLIM4P50479 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PDLIM4P50479 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
PDLIM4P50479 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
PDLIM4P50479 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PDLIM4P50479 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PDLIM4P50479 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PDLIM4P50479 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PDLIM4P50479 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PDLIM4P50479 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PDLIM4P50479 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PDLIM4P50479 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PDLIM4P50479 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PDLIM4P50479 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PDLIM4P50479 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PDLIM4P50479 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PDLIM4P50479 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PDLIM4P50479 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PDLIM4P50479 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PDLIM4P50479 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PDLIM4P50479 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PDLIM4P50479 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PDLIM4P50479 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PDLIM4P50479 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
PDLIM4P50479 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PDLIM4P50479 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PDLIM4P50479 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PDLIM4P50479 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
PDLIM4P50479 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PDLIM4P50479 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PDLIM4P50479 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PDLIM4P50479 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PDLIM4P50479 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PDLIM4P50479 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PDLIM4P50479 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PDLIM4P50479 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PDLIM4P50479 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PDLIM4P50479 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PDLIM4P50479 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PDLIM4P50479 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PDLIM4P50479 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PDLIM4P50479 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PDLIM4P50479 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PDLIM4P50479 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PDLIM4P50479 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PDLIM4P50479 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PDLIM4P50479 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PDLIM4P50479 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PDLIM4P50479 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
PDLIM4P50479 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
PDLIM4P50479 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
PDLIM4P50479 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
PDLIM4P50479 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
PDLIM4P50479 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
PDLIM4P50479 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
PDLIM4P50479 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
PDLIM4P50479 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
PDLIM4P50479 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PDLIM4P50479 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PDLIM4P50479 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PDLIM4P50479 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PDLIM4P50479 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PDLIM4P50479 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PDLIM4P50479 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PDLIM4P50479 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
PDLIM4P50479 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PDLIM4P50479 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
PDLIM4P50479 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PDLIM4P50479 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.4 ms