Protein–RNA interactions for Protein: P22415

USF1, Upstream stimulatory factor 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF1P22415 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
USF1P22415 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
USF1P22415 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USF1P22415 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USF1P22415 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USF1P22415 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USF1P22415 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USF1P22415 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USF1P22415 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USF1P22415 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
USF1P22415 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USF1P22415 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USF1P22415 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
USF1P22415 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
USF1P22415 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
USF1P22415 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USF1P22415 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USF1P22415 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USF1P22415 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USF1P22415 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USF1P22415 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USF1P22415 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USF1P22415 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USF1P22415 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USF1P22415 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USF1P22415 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USF1P22415 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USF1P22415 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USF1P22415 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USF1P22415 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
USF1P22415 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USF1P22415 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USF1P22415 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USF1P22415 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USF1P22415 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USF1P22415 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USF1P22415 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
USF1P22415 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USF1P22415 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USF1P22415 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USF1P22415 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USF1P22415 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USF1P22415 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USF1P22415 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USF1P22415 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USF1P22415 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USF1P22415 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USF1P22415 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USF1P22415 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USF1P22415 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USF1P22415 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
USF1P22415 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USF1P22415 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USF1P22415 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USF1P22415 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USF1P22415 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
USF1P22415 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USF1P22415 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USF1P22415 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USF1P22415 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USF1P22415 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USF1P22415 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USF1P22415 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USF1P22415 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USF1P22415 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USF1P22415 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USF1P22415 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USF1P22415 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USF1P22415 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USF1P22415 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USF1P22415 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USF1P22415 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USF1P22415 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USF1P22415 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USF1P22415 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USF1P22415 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USF1P22415 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
USF1P22415 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USF1P22415 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
USF1P22415 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USF1P22415 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USF1P22415 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USF1P22415 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
USF1P22415 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
USF1P22415 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
USF1P22415 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
USF1P22415 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
USF1P22415 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
USF1P22415 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
USF1P22415 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
USF1P22415 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
USF1P22415 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USF1P22415 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USF1P22415 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USF1P22415 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USF1P22415 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USF1P22415 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USF1P22415 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USF1P22415 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USF1P22415 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 156.2 ms