Protein–RNA interactions for Protein: O95096

NKX2-2, Homeobox protein Nkx-2.2, humanhuman

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-2O95096 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
NKX2-2O95096 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NKX2-2O95096 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NKX2-2O95096 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NKX2-2O95096 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NKX2-2O95096 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NKX2-2O95096 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
NKX2-2O95096 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
NKX2-2O95096 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NKX2-2O95096 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
NKX2-2O95096 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NKX2-2O95096 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
NKX2-2O95096 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
NKX2-2O95096 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
NKX2-2O95096 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
NKX2-2O95096 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
NKX2-2O95096 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
NKX2-2O95096 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
NKX2-2O95096 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
NKX2-2O95096 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.49
NKX2-2O95096 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
NKX2-2O95096 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
NKX2-2O95096 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
NKX2-2O95096 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
NKX2-2O95096 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
NKX2-2O95096 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
NKX2-2O95096 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
NKX2-2O95096 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
NKX2-2O95096 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
NKX2-2O95096 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NKX2-2O95096 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NKX2-2O95096 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NKX2-2O95096 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
NKX2-2O95096 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
NKX2-2O95096 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
NKX2-2O95096 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
NKX2-2O95096 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
NKX2-2O95096 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
NKX2-2O95096 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NKX2-2O95096 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NKX2-2O95096 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
NKX2-2O95096 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
NKX2-2O95096 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NKX2-2O95096 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NKX2-2O95096 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
NKX2-2O95096 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NKX2-2O95096 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NKX2-2O95096 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
NKX2-2O95096 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
NKX2-2O95096 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
NKX2-2O95096 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
NKX2-2O95096 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
NKX2-2O95096 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
NKX2-2O95096 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
NKX2-2O95096 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
NKX2-2O95096 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
NKX2-2O95096 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
NKX2-2O95096 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
NKX2-2O95096 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
NKX2-2O95096 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
NKX2-2O95096 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
NKX2-2O95096 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
NKX2-2O95096 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
NKX2-2O95096 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
NKX2-2O95096 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
NKX2-2O95096 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
NKX2-2O95096 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
NKX2-2O95096 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
NKX2-2O95096 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
NKX2-2O95096 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
NKX2-2O95096 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
NKX2-2O95096 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.7 ms