Protein–RNA interactions for Protein: O43542

XRCC3, DNA repair protein XRCC3, humanhuman

Predictions only

Length 346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
XRCC3O43542 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
XRCC3O43542 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
XRCC3O43542 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
XRCC3O43542 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
XRCC3O43542 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
XRCC3O43542 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
XRCC3O43542 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
XRCC3O43542 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
XRCC3O43542 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
XRCC3O43542 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
XRCC3O43542 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
XRCC3O43542 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
XRCC3O43542 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
XRCC3O43542 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
XRCC3O43542 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
XRCC3O43542 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
XRCC3O43542 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
XRCC3O43542 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
XRCC3O43542 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
XRCC3O43542 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
XRCC3O43542 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
XRCC3O43542 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
XRCC3O43542 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
XRCC3O43542 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
XRCC3O43542 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
XRCC3O43542 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
XRCC3O43542 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
XRCC3O43542 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
XRCC3O43542 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
XRCC3O43542 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
XRCC3O43542 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
XRCC3O43542 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
XRCC3O43542 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
XRCC3O43542 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
XRCC3O43542 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
XRCC3O43542 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
XRCC3O43542 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
XRCC3O43542 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
XRCC3O43542 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
XRCC3O43542 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
XRCC3O43542 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
XRCC3O43542 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
XRCC3O43542 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
XRCC3O43542 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
XRCC3O43542 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
XRCC3O43542 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
XRCC3O43542 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
XRCC3O43542 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
XRCC3O43542 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
XRCC3O43542 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
XRCC3O43542 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
XRCC3O43542 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
XRCC3O43542 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
XRCC3O43542 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
XRCC3O43542 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
XRCC3O43542 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
XRCC3O43542 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
XRCC3O43542 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
XRCC3O43542 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
XRCC3O43542 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
XRCC3O43542 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
XRCC3O43542 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
XRCC3O43542 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
XRCC3O43542 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
XRCC3O43542 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
XRCC3O43542 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
XRCC3O43542 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
XRCC3O43542 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
XRCC3O43542 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
XRCC3O43542 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
XRCC3O43542 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
XRCC3O43542 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
XRCC3O43542 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
XRCC3O43542 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
XRCC3O43542 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
XRCC3O43542 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
XRCC3O43542 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
XRCC3O43542 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
XRCC3O43542 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
XRCC3O43542 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
XRCC3O43542 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
XRCC3O43542 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
XRCC3O43542 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
XRCC3O43542 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
XRCC3O43542 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
XRCC3O43542 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
XRCC3O43542 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
XRCC3O43542 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
XRCC3O43542 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
XRCC3O43542 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
XRCC3O43542 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
XRCC3O43542 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
XRCC3O43542 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
XRCC3O43542 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
XRCC3O43542 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
XRCC3O43542 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
XRCC3O43542 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
XRCC3O43542 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
XRCC3O43542 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
XRCC3O43542 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms