Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

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Length 520 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP3Q9Y6I4 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
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