Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4CQ96CF2 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.6 ms