Protein–RNA interactions for Protein: Q3V6T2

CCDC88A, Girdin, humanhuman

Predictions only

Length 1,871 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88AQ3V6T2 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC88AQ3V6T2 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC88AQ3V6T2 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC88AQ3V6T2 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC88AQ3V6T2 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC88AQ3V6T2 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC88AQ3V6T2 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC88AQ3V6T2 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC88AQ3V6T2 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC88AQ3V6T2 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC88AQ3V6T2 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
CCDC88AQ3V6T2 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC88AQ3V6T2 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC88AQ3V6T2 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC88AQ3V6T2 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC88AQ3V6T2 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC88AQ3V6T2 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.2 ms