Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

Predictions only

Length 438 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CLN3Q13286 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.1 ms